İlk ve orta öğrenimini Amasra/Bartın’da yapan Dr. Gökhan Aygün, Amasra Lisesi’nden mezundur. 1990 yılında İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi’nden mezun olmuştur. Bir yıl Düziçi/Adana Devlet Hastanesi Acil Servisi’nde mecburi hizmetini yapmış ve 1991 yılı sonunda Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Klinik Mikrobiyoloji ve İnfeksiyon Hastalıkları Anabilim Dalı’nda ihtisasına başlamıştır. 1996 yılında Klinik Mikrobiyoloji ve İnfeksiyon Hastalıkları uzmanı olan Aygün, 2005 yılında doçent, 2011 yılında profesör olmuştur.
Dr. Gökhan Aygün, İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa , Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı’nda öğretim üyeliği yanında Hastane İnfeksiyon Kontrol Komitesi’nde de aktif olarak görev almaktadır. Aygün, bir dönem İstanbul Üniversitesi Hastaneleri Kalite Direktörlüğü, Başhekim Yardımcılığı görevlerini yürütmüştür. Uzm. Hemşire Pakize AYGÜN ile evlidir.
İyi derecede İngilizce bilen Aygün’ün ilgi alanları arasında; üriner sistem ve gastrointestinal sistem infeksiyonları, hastane infeksiyonları, yoğun bakım infeksiyonları, antibakteriyel direnç, mantar infeksiyonları başta gelmektedir.