1989 yılında Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi’nden mezun oldu, 1993 yılında Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalında ihtisasını tamamladı. 1993-1995 yılları arasında aynı üniversitede öğretim görevliliği, 1995-1998 yılları arasında yardımcı doçentlik görevlerini yaptı. 1998 yılında doçentlik, 2004 yılında ise profesörlük ünvanını kazandı. Akademik yaşamı süresince editör yardımcılığı, Tıp Fakültesi yönetim kurulu üyeliği, infeksiyon kontrol kurulu başkanlığı, dekan yardımcılığı ve anabilim dalı başkanlığı gibi birçok idari kademede görev yaptı. Ulusal ve uluslar arası düzeyde çok sayıda yayını, bildirileri, kitap bölümleri, editörlüğü, bilimsel danışmanlığı bulunan Dr. Aygen Türk Klinik Mikrobiyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları Derneği’nin (KLİMİK), 2007 yılından itibaren yönetim kurulu üyeliğini yürütmektedir. KLİMİK Derneği bünyesinde 2011 yılında faaliyete geçen Viral Hepatit Çalışma Grubu’nun kuruluşunda yer almış olup, grubun akademik ve eğitim programlarında çalışmalarını sürdürmektedir. Özel ilgi alanı olan hepatitli hasta tanı ve tedavisi ile ilgili uğraşlarına yoğun olarak devam etmektedir. Halen Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı’nda profesör olarak görev yapmaktadır.